Biến đổi khí hậu, khai thác động vật biển tràn lan và thiếu ý thức bảo tồn môi trường sinh thái biển đang là một số lý do khiến san hô Phú Quốc dần mất đi vẻ đẹp vốn có.
Chỉ khoảng 10 năm trước đây, điều lôi kéo những người yêu thiên nhiên đến với Đảo Ngọc chính là những rạn san hô trải dài quanh đảo. Tuy nhiên, san hô hiện đã không còn được như trước đây, dù những người yêu san hô đang ra sức bảo tồn.
Hiện chỉ còn một số điểm ở phía bắc và phía nam đảo Phú Quốc như Hòn Đồi Mồi, Hòn Móng Tay, Hòn Thơm còn các quần thể san hô. Vào khoảng năm 2010, một đợt tẩy trắng do nhiệt độ đáy biển tăng đã xóa sổ phần lớn san hô quanh đảo.
Nhận thức được tầm quan trọng của san hô với môi trường biển, nhiều đơn vị khai thác du lịch đã chủ động bảo vệ và nuôi trồng san hô.
Tuy nhiên, chỉ một vài đơn vị làm nhưng nhiều người khác không giữ gìn. Những ghe cào, khách du lịch bẻ san hô mang về khiến san hô khó phát triển trở lại.
Ngoài ra, những sinh vật tầng đáy để tạo ra một hệ sinh thái khép kín cũng là một điều kiện quan trọng cho san hô phát triển. Những hoạt động như khai thác động vật biển, điển hình là nhum – nhím biển cũng cần được kiểm soát, nếu không, những cảnh đẹp nơi đáy biển sẽ chỉ còn có thể nhìn thấy qua những thước phim.
